根据市场需求，慧源软件在慧源医院系统小型网络版基础上，针对新型农村合作医疗的功能需求，对《医院信息系统（合作医疗版）》进行了统一的整体设计，一方面扩充和完善原的数据库，另一方面整合新的数据流程，增加新的功能。这些新的功能主要是：在“门诊收费”中新增“合作医疗收费”功能；在“住院收费”中新增“参合人入院”功能、“参合人出院结算”功能；在“系统维护”中新增“合作医疗帐户管理”功能、“合作医疗帐户成员管理”功能、“合作医疗筹集资金管理”功能等等，从而形成这套《医院信息系统（合作医疗版）》。
　　这套软件，共有三个客户端系统：收费管理系统、药品管理系统和综合查询与参数管理系统。
合作医疗版综合查询和参数管理系统的主要功能：
门诊收费：门诊收费分科汇总表、门诊收费分类汇总表、门诊收费分医生汇总表、合作医疗综合汇总表（门诊）、门诊发票查询、收款人工作汇总表、退出
住院收费：住院收费分科汇总表、住院收费分类汇总表、住院收费分医生汇总表、合作医疗综合汇总表（住院）、病人催款通知单、住院收款汇总表
综合查询：门诊药房处方查询、门诊药房库存查询、住院药房处方查询、住院药房库存查询、药品库房入库查询、药品库房库存查询、合作医疗综合报表（汇总）、超级查询
管理维护：门诊费用参数管理、住院费用参数管理、部门管理、用户与权限管理、医师参数管理、修改密码、打印参数管理、登录数据库服务器、系统运行参数管理、升级数据库、创建数据库、系统初始化
系统帮助：帮助主题、软件注册、关于本软件新增的“超级查询”功能，大大方便了用户的操作使用。